2024-03-11 11:01:00
  1、 在WB实验中,我们通常用内参进行上样量的误差矫正、检测转膜情况、排除边界效应、检测显色或发光体系是否正常以及作为灰度值定量的标准。下面将对其逐一进行介绍:
 
1.1矫正蛋白上样量
在 WB 实验中,比较不同样本中某种蛋白的表达量时,如果上样量有差异,无疑会严重影响实验结论。检测内参并确保各泳道间内参蛋白量一致即可排除上样量的影响。
 
1.2检测转膜情况
除了上样量,转膜时不同泳道之间的转移效率不同,也会给最终结果带来极大影响。在比较不同泳道样品中目标蛋白表达量时,可以根据内参蛋白的转印效率来确定目的蛋白是否被有效转印到膜上。
 
1.3排除边界效应
如果一次 WB 检测样本较多而使用较大的凝胶,凝胶边缘泳道在转膜时效率可能与中间的泳道效率不同。内参的设置同样可以排除边界效应的影响。
 
1.4检测显色或发光体系是否正常
由于内参蛋白在样本中通常是高表达,比较容易被检测到,因此也可作为其中一种 WB 实验的阳性对照。通过内参的信号,来判定显色或发光体系是否正常工作。
 
1.5作为WB定量的标准
由于其稳定性,我们经常在WB灰度值数据分析过程中将内参设定成定量的标准,从而进行均一化等数据的处理。
一条干净漂亮的WB条带也是证明你实验技术稳定的关键指标,加上上述这些显而易见的好处,在文章发表时通常要求设置内参来说明实验结果的有效性。

 

 
2.常用的几种内参?
beta Actin、beta Tubulin、GAPDH、Lamin B1、PCNA等已作为成熟的内参运用到试验中。
 
 
3.不同的情况如何选择不同的内参?

下面小知就给小伙伴们大致介绍下如何选择内参:

样本来源

● 如果是哺乳动物的组织或细胞,主要以 beta Actin、beta Tubulin、GAPDH、Lamin B1、PCNA为代表;

● 如果是植物样本,主要以 actin、Rubisco为代表。

 

目的蛋白定位

● 全细胞蛋白和细胞质:beta Actin、beta Tubulin、GAPDH等;

● 细胞核蛋白: PCNA等;

● 核膜蛋白:Lamin B1等;

● 胞膜蛋白:Na(+)/K(+) ATPase等。

 

目的蛋白分子量

beta Actin、beta Tubulin、GAPDH的分子量分别是42kd,50kd,37kd,目的蛋白分子量最好能与内参蛋白分子量相差5kd以上,才能分开目的蛋白和内参,写文章做图也更美观。

 

三大内参

beta Actin,肌动蛋白,细胞骨架蛋白。它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物。beta Actin作为内参是得到公认的,针对大多数组织和细胞来说的,它广泛分布于细胞质内,表达量非常丰富。但是在一些少量特殊的情况下比如脂肪组织和细胞内,beta Actin的表达量就很少。

GAPDH,甘油醛-3-磷酸脱氢酶,该酶是糖酵解反应中的一个酶,几乎在所有组织细胞中都高水平表达,在同种细胞或组织中的表达量一般是恒定的,且很少受外部诱导物的影响。但比如缺氧和糖尿病等疾病存在下,会增加GAPDH在特定细胞和组织中的表达。

Beta Tubulin,微管蛋白,细胞骨架蛋白。作为内参抗体,beta Tubulin表达通常不会发生改变,因此被广泛用于 Western Blot内参,也常被用于免疫染色观察细胞的微管结构。

 

言而总之:

1. 不同的内参在选择上也要根据具体的样本情况选择,没有一种内参能适用所有的组织和细胞样本。比如,血红细胞(因为其细胞结构的特殊性和需要携带氧气的功能性)样本就不适合以上3种常用内参。如果使用会导致结果很差或者没有结果。可以选用血红细胞的结构性蛋白作为内参代替。

2. 在做多组织多细胞样本对比表达量时,最好选用GAPDH作为内参,因为GAPDH是代谢类蛋白,在活组织中表达比较恒定。而beta Actin和beta Tubulin是结构蛋白,不同组织的细胞结构会有差异性。

3. 做各种分泌液样本的时候,如血浆,乳汁,组织液等,以上的3种内参也不是很合适。由于没有完整的细胞结构,所以只能选择一些分泌蛋白作为内参,或者采用其他方式作为内参。

4. 做诱导后样本或检测磷酸化等修饰性抗体时,选择结构蛋白作为内参,如beta Actin和beta Tubulin。因为GAPDH是代谢类蛋白,表达量有可能会受到诱导处理的影响。同时,做修饰性抗体的Western Blot实验,最好也带上同抗原的总抗作为阳性对照。

5. 做Western Blot实验时,内参的条带强度也要适当控制。不要让内参条带发生过度曝光的情况,尤其是用X胶片曝光的。如果内参条带过度曝光,条带会显得很宽,妨碍对条带正确强度的判读,进而影响对其他实验结果的判断。最好的内参结果是:窄窄的,黑色实心条带。

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