下面小知就给小伙伴们大致介绍下如何选择内参:
样本来源
● 如果是哺乳动物的组织或细胞,主要以 beta Actin、beta Tubulin、GAPDH、Lamin B1、PCNA为代表;
● 如果是植物样本,主要以 actin、Rubisco为代表。
目的蛋白定位
● 全细胞蛋白和细胞质:beta Actin、beta Tubulin、GAPDH等;
● 细胞核蛋白: PCNA等;
● 核膜蛋白:Lamin B1等;
● 胞膜蛋白:Na(+)/K(+) ATPase等。
目的蛋白分子量
beta Actin、beta Tubulin、GAPDH的分子量分别是42kd,50kd,37kd,目的蛋白分子量最好能与内参蛋白分子量相差5kd以上,才能分开目的蛋白和内参,写文章做图也更美观。
三大内参
beta Actin,肌动蛋白,细胞骨架蛋白。它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物。beta Actin作为内参是得到公认的,针对大多数组织和细胞来说的,它广泛分布于细胞质内,表达量非常丰富。但是在一些少量特殊的情况下比如脂肪组织和细胞内,beta Actin的表达量就很少。
GAPDH,甘油醛-3-磷酸脱氢酶,该酶是糖酵解反应中的一个酶,几乎在所有组织细胞中都高水平表达,在同种细胞或组织中的表达量一般是恒定的,且很少受外部诱导物的影响。但比如缺氧和糖尿病等疾病存在下,会增加GAPDH在特定细胞和组织中的表达。
Beta Tubulin,微管蛋白,细胞骨架蛋白。作为内参抗体,beta Tubulin表达通常不会发生改变,因此被广泛用于 Western Blot内参,也常被用于免疫染色观察细胞的微管结构。
言而总之:
1. 不同的内参在选择上也要根据具体的样本情况选择,没有一种内参能适用所有的组织和细胞样本。比如,血红细胞(因为其细胞结构的特殊性和需要携带氧气的功能性)样本就不适合以上3种常用内参。如果使用会导致结果很差或者没有结果。可以选用血红细胞的结构性蛋白作为内参代替。
2. 在做多组织多细胞样本对比表达量时,最好选用GAPDH作为内参,因为GAPDH是代谢类蛋白,在活组织中表达比较恒定。而beta Actin和beta Tubulin是结构蛋白,不同组织的细胞结构会有差异性。
3. 做各种分泌液样本的时候,如血浆,乳汁,组织液等,以上的3种内参也不是很合适。由于没有完整的细胞结构,所以只能选择一些分泌蛋白作为内参,或者采用其他方式作为内参。
4. 做诱导后样本或检测磷酸化等修饰性抗体时,选择结构蛋白作为内参,如beta Actin和beta Tubulin。因为GAPDH是代谢类蛋白,表达量有可能会受到诱导处理的影响。同时,做修饰性抗体的Western Blot实验,最好也带上同抗原的总抗作为阳性对照。
5. 做Western Blot实验时,内参的条带强度也要适当控制。不要让内参条带发生过度曝光的情况,尤其是用X胶片曝光的。如果内参条带过度曝光,条带会显得很宽,妨碍对条带正确强度的判读,进而影响对其他实验结果的判断。最好的内参结果是:窄窄的,黑色实心条带。